- 全修修業年限三年，需修滿學科84學分與實習12學分，共計96學分，成績合格者授予「道學碩士」學位。
- 未來方向：牧養教會、教會牧師／傳道、事公／機構主責、開拓植堂、繼續進修朝神學教育領域發展。
- 全修修業年限三年，需修滿學科84學分及實習12學分，共計96學分；學科學分中至少25學分為教牧輔導相關課程與實習。成績合格者，授予「道學碩士（主修教牧輔導）」學位。
- 說明：道輔科是在原有道學碩士科之聖經神學與靈命塑造等基礎上，增設牧靈諮商專修課程與相關實習，培育合神心意、符合時代需要，並具教牧關懷與輔導能力的全人事奉工人。
- 未來方向：教會牧師／傳道、靈性牧養事工、個人／群體諮商牧養。
- 全修修業年限二年，需修滿學科64學分與實習8學分，共計72學分，成績合格者授予「聖工碩士」學位。
- 未來方向：事工傳道人及同工、基督教教育／機構同工。
- 全修修業年限四年，須修滿學科104學分與實習16學分，共計120學分，成績合格者授予「神學學士」學位。
- 未來方向：教會牧師／傳道、機構同工、繼續進修。
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非大學畢業而具專科以上學歷者，修讀碩士班須補修學分如下：
- （一）三專畢業者：補修 15 學分。
- （二）二專或五專畢業者：補修 30 學分。
- 其全修修業年限，得依補修學分數，酌予延長一年。
- 選修生之修業年限不受限制。
- 以上各科別皆採週間白天實體上課。
學費
- 全修生：每學期需繳學分費、註冊費，及學雜費1,500元；準師母(全修生之配偶)僅需繳交註冊費及學分費，且收費標準皆為全修生之半價。
- 選修生：只繳註冊費及學分費。
- 註冊費：每學期新台幣500元。
- 學費(按學分數計算)：
- a. 全修生每學分1,500元。
- b. 準師母每學分750元。
- c. 選修生每學分1,800元。
- 選修牧靈課程之學分費:
- a. 全修生每學分1,500元。
- b. 準師母每學分750元。
- c. 選修生(限有學位生)每學分2,000元。
- 旁聽、重修：依規定繳學分費。
學院生活費用
- 全修生須一律住校，學生宿舍原則上僅提供全修生住宿。
- 學生宿舍費用包含宿舍費、靈糧山莊社區住戶管理費，以及水電瓦斯費用，說明如下：
- 1. 宿舍服務成本
- a. 單身宿舍：每人每月新臺幣1,300元。
- b. 家庭宿舍：每房每月不超過新臺幣3,300元。
- 2. 靈糧山莊社區住戶管理費及停車費
- 管理費依實際住宿坪數計費，如需使用汽車停車格，需另行申請，並向山莊管理中心繳交相關費用。
- 3. 水、電、瓦斯費用
- a. 各宿舍依實際使用度數自行繳費；瓦斯度數請依山莊規定定期填寫並回報。
- b. 單身宿舍之水電費原則上由住宿者平均分攤；惟視個別特殊使用情況(如冷氣或暖氣使用)作適度調整。冷暖氣費用以每小時不超過新臺幣5元為原則。
- 學生自治會費
- 全修生每學期初須繳交學生自治會會費。
學費貸款
- 全修生在註冊繳費時若有不足，可向學校申請貸款。